Τα τεκμήρια για την ύπαρξη αρχαίου πολίσματος στην θέση της σημερινής Κομοτηνής, οδηγούν στα πρωτοχριστιανικά χρόνια: το φρούριο της, ο επιτύμβιος βωμός του 4ου αϊ. μ.Χ., το ελληνιστικής εποχής δωρικό κιονόκρανο και η εικονιστική κεφαλή (πορτραίτο) που χρονολογείται στο τελευταίο τέταρτο του 2ου αϊ. μ.Χ. Είναι όμως, πολύ πιθανό, και στο σημείο αυτό συγκλίνουν οι απόψεις αρκετών ιστορικών, να προϋπήρχε κάποιος οικισμός, έστω και ατείχιστος, ώστε, εάν σήμερα, ισχυρισθούμε ότι η Κομοτηνή έχει ιστορία δύο χιλιετιών, δεν θα ήμασταν μακριά από την ιστορική αλήθεια.

Η θέση της πάνω στην Εγνατία οδό, η οποία συνέδεε το Δυρράχιο με την Κωνσταντινούπολη, της έδιδε προνόμια "ιδίως οικονομικού χαρακτήρα", ώστε, σταδιακά, εξελίχτηκε και εμφανίστηκε στον ορίζοντα της τοπικής ιστορίας, στην σκιά βέβαια της γειτονικής της Μαξιμιανούπολης (στα νεότερα χρόνια Μοσυνούπολης), η υπεροχή της οποίας, μέχρι την καταστροφή της από τους Βουλγάρους, ήταν αδιαμφισβήτητη.

Οι επόμενες, χρονικά, μαρτυρίες θα καταγραφούν πολύ αργά, στον 14ο αϊ. μ.Χ., όταν η ακρωτηριασμένη βυζαντινή αυτοκρατορία, σπαρασσόταν από τις εμφύλιες διαμάχες και τις εχθρικές επιθέσεις στα σύνορα της. Ο ιστορικός και αυτοκράτορας Ιωάννης Στ' ο Καντακουζηνός και ο σύγχρονος του Νικηφόρος Γρήγορος αναφέρονται, ο μεν πρώτος στο "Κουμουτζηνά πόλισμα", ενώ ο δεύτερος στην πολίχνη με την ονομασία "Κομοτηνά" ή "Κομοτηνή". Η πρώτη μαρτυρία, του έτους 1331 μ.Χ., συνδέεται με το περιστατικό της συνάντησης στην σημερινή εκτεταμένη πεδιάδα "όπου η Μονή Βαθυρρύακος" των στρατευμάτων του αυτοκράτορα Ανδρόνικου Γ' και του ηγεμόνα της Σμύρνης Ομούρ, η οποία είχε αίσια κατάληξη, αφού τα στρατεύματα του δεύτερου, αποχώρησαν χωρίς να πολεμήσουν. Το έτος 1343 μ.Χ. η Κομοτηνή, όπως και οι υπερασπιστές των γειτονικών φρουρίων Ασώματος, Παραδημή, Κρανοβούνιο και Στυλάριο προσχωρούν στον Καντακουζηνό για να συμμετάσχουν στον καταστροφικό εμφύλιο πόλεμο, ο οποίος διήρκεσε έως το 1347 και ουσιαστικά προετοίμασε το έδαφος για την κατάληψη της περιοχής από τους Τούρκους.

Στα 1363, κατά την πιθανότερη σήμερα εκδοχή, ο εξισλαμισμένος Έλληνας άρχοντας, Γαζή Εβρενός Μπέη, στην κατακτητική του πορεία από τα Ύψαλα προς την Θεσσαλονίκη, εισέρχεται στην Κομοτηνή και εγκαθιδρύει την οθωμανική κυριαρχία, η οποία επρόκειτο να διαρκέσει πεντέμισι αιώνες. Όπως μαρτυρεί οθωμανικό κατάστιχο, η διαδικασία αλλαγής του εθνικού χαρακτήρα της πόλης δεν ήταν εύκολη ούτε και σύντομη. Σύμφωνα λοιπόν με το κατάστιχο, στα 1530, δύο σχεδόν αιώνες μετά την κατάκτηση, στην πόλη λειτουργεί μόλις ένα τζαμί και μερικά μετζίτια. Την ίδια εποχή, στα 1548, ο περιηγητής Pierre Belon, που την επισκέφτηκε μας πληροφορεί ότι κατοικείται από Έλληνες και λίγους Τούρκους, θα χρειαστεί να ακολουθήσουν στους επόμενους αιώνες μαζικοί εποικισμοί με μουσουλμάνους της Ανατολίας, καθώς και η προσχώρηση των Πομάκων στο Ισλάμ, για να αλλοιωθεί η φυσιογνωμία της Κομοτηνής.'

Οι συνθήκες ζωής των χριστιανών, κατά τις διασωθείσες μαρτυρίες, είναι αφόρητες. Ο Τούρκος περιηγητής Εβλιγιά Τσελεμπί, που επισκέπτεται την πόλη στα μέσα του 17ου αϊ., ενώ είναι γλαφυρότατος στην περιγραφή της, για τους Έλληνες δεν αναφέρει ούτε και αν υπάρχουν, κάτι, που μόνο έμμεσα συνάγεται!

Σύμφωνα με περιστατικό που κατέγραψε ο ’γγλος περιηγητής Clarke (1801), ο ίδιος και η συνοδεία του λιθοβολήθηκαν στους δρόμους της Κομοτηνής από τον τουρκικό όχλο, αλλά και από τους χριστιανούς, οι οποίοι όφειλαν να συμμερίζονται τις ορέξεις των δυναστών τους. Όταν δε, εισήλθε στο κατάστημα ενός Έλληνα αργυροχόου, αυτός προς δημιουργία εντυπώσεων, ύψωσε την φωνή του και τους απέπεμψε με άσχημο τρόπο. Ψιθυρίζοντας, όμως, τους είπε ότι θα μπορούσαν να συναντηθούν στο χάνι... Τα δύο περιστατικά δίνουν μια αμυδρή και στιγμιαία μόνο εικόνα του ψυχολογικού κλίματος, μέσα στο οποίο ζούσαν οι Έλληνες.

Αλλά, στην διάρκεια του 19ου αϊ. σημαντικές εξελίξεις, όπως η ελληνική επανάσταση, οι μεταρρυθμίσεις του Χάττι Χουμαγιούν και η προοδευτική εξασθένιση της οθωμανικής παντοδυναμίας, δίνουν περιθώριο προόδου στα υπόδουλα έθνη. Στο τελευταίο τέταρτο του αιώνα και στις αρχές του 20ου αϊ. η ελληνική αστική κοινότητα της Κομοτηνής κατέχει τα σκήπτρα του εισαγωγικού και εξαγωγικού εμπορίου, που διενεργείται πλέον μέσω του σιδηροδρόμου. Τα άφθονα προϊόντα της πεδιάδας (καπνός, σιτηρά κ.ά.) διακινούνται από Έλληνες εμπόρους, οι οποίοι πλουτίζουν σύντομα και αγοράζουν μεγάλα αγροκτήματα (τσιφλίκια), που συναπαρτίζουν εκτάσεις χιλιάδων στρεμμάτων και σημαντικό ποσοστό της συνολικής τότε καλλιεργήσιμης γης. Χτίζουν τους πρώτους ατμόμυλους, το αλεύρι των οποίων καλύπτει τις ανάγκες της περιοχής. Όμορφα αρχοντικά, -ορισμένα σώζονται ως σήμερα- ιδιοκτησίες πλουσίων της πόλης, δίνουν το μέτρο της οικονομικής προόδου.

Αν και ο Ρωσοτουρκικός πόλεμος (1877-78) προκαλεί την μαζική εγκατάσταση δεκάδων χιλιάδων μουσουλμάνων προσφύγων (τότε ιδρύονται νέες συνοικίες), εν τούτοις η πρόοδος των χριστιανών δεν αναχαιτίζεται.

Στον πνευματικό τομέα έχουν επίσης να επιδείξουν θεαματικά αποτελέσματα. Στα 1885 λειτουργεί ο σύλλογος "ΟΜΟΝΟΙΑ" στους κόλπους του οποίου νέοι της Κομοτηνής δίνουν θεατρικές παραστάσεις και συναυλίες, ενώ παράλληλα, πολυποίκιλη δραστηριότητα ασκεί και η Αδελφότης Κυριών. Στην πόλη κυκλοφορούν αδιάλειπτα όλες οι ελληνικές εφημερίδες της Κωνσταντινούπολης. Μεγάλοι ευεργέτες φροντίζουν με δωρεές τους, για την εύρυθμη λειτουργία των σχολείων. Οι φιλομαθέστεροι μαθητές συνέχιζαν τις σπουδές τους στα εκπαιδευτήρια της Αδριανούπολης και στην συνέχεια στα πανεπιστήμια της Ευρώπης. Ενδεικτικό της πνευματικής κίνησης, είναι το γεγονός ότι από την Κομοτηνή καταγόταν μια από τις πρώτες γυναίκες γιατρούς της Θράκης (μόνο στην Αδριανούπολη υπήρχε προηγούμενο). Πρόκειται για την Βικτωρία Μαργαριτοπούλου.

Την κατάσταση καταγράφει ο διεθνής εμπορικός οδηγός Annaire de commerce Didot-Rottin του 1912, σύμφωνα με τον οποίο στην Κομοτηνή υπάρχουν 33 Έλληνες επιστήμονες, τραπεζίτες και έμποροι, 6 Αρμένιοι, 4 Ιουδαίοι, 3 Οθωμανοί και κανείς Βούλγαρος.

Στην δεκαετία του 1910, η μακρόχρονη βουλγαρική κατοχή και το σχέδιο για τον πλήρη εκβουλγαρισμό της περιοχής, είχαν καταστρεπτικές συνέπειες στους χριστιανούς αλλά και στους μουσουλμάνους της Θράκης. Κατά την έκφραση της εποχής, η Θράκη μετετράπη σε απέραντη "κοιλάδα κλαύθμωνος".

Το σύντομο χρονικό των γεγονότων αρχίζει με τον Α' Βαλκανικό πόλεμο (1912-13), την ήττα της Τουρκίας και την κατάληψη της Κομοτηνής από τα βουλγαρικά στρατεύματα. Οι υπερβολικές αξιώσεις της Βουλγαρίας σε βάρος των συμμάχων της οδηγούν στον Β' Βαλκανικό πόλεμο και την συντριβή της από τα ελληνικά και σερβικά στρατεύματα. Στις 14 Ιουλίου του 1913, εισέρχεται στην πόλη, μέσα σε ατμόσφαιρα ξέφρενου ενθουσιασμού, ο ελληνικός στρατός και στο Διοικητήριο της (σημερινό δικαστικό μέγαρο) κυματίζει η ιστορική σημαία της πόλης την οποία κατασκεύασαν την προηγούμενη νύχτα οι γυναίκες της Κομοτηνής. Η συνθήκη του Βουκουρεστίου (28 Ιουλίου 1913) επιδικάζει την περιοχή στην ηττημένη Βουλγαρία και την αρχική χαρά των κατοίκων της διαδέχεται η απόγνωση. Παρά τις απεγνωσμένες εκκλήσεις των θρακών για την ανάληψη στρατιωτικής δράσης, η ελληνική κυβέρνηση επιμένει στον σεβασμό της συνθήκης. Ενώπιον του κινδύνου της επιστροφής του βουλγαρικού στρατού, οι χριστιανοί και οι μουσουλμάνοι ενωμένοι, ιδρύουν για λόγους πολιτικής σκοπιμότητας την βραχύβια Δημοκρατία της Γκιουμουλτζίνας, με πρωτεύουσα την Κομοτηνή. Η βουλγαρο-τουρκική συνθήκη της Κωνσταντινούπολης στις 16 Σεπτεμβρίου 1913, αίρει και τα τελευταία εμπόδια για την στρατιωτική κατάληψη της περιοχής. Τον Οκτώβριο τα βουλγαρικά στρατεύματα εισέρχονται στην πόλη. ’λλοι κάτοικοι θα εκτοπισθούν στο εσωτερικό της Βουλγαρίας, άλλοι θα φυλακιστούν και άλλοι θα καταφέρουν να διαφύγουν στις πόλεις της ελεύθερης Ελλάδας, όπου περιπλανιόντουσαν πένητες και αβοήθητοι.

Μετά το τέλος του Α' Παγκοσμίου πολέμου και την ήττα των δυνάμεων του ’ξονα, το νοτιοδυτικό τμήμα της Μεγάλης Θράκης ενσωματώνεται στην Ελλάδα και στις 14 Μαϊου 1920 η ελληνική σημαία κυματίζει και πάλι στην Κομοτηνή.